1998 gründeten die Aargauische Naturforschende Gesellschaft (ANG) als frühere Betreiberin des Museums, der Kanton Aargau als hauptsächlicher Geldgeber und die Stadt Aarau als Standortgemeinde die Stiftung Naturama Aargau. Die Stiftung ist die Eigentümerin der Liegenschaften und Sammlungen. Präsident des Stiftungsrates ist der Aarauer Stadtrat Dr. Lukas Pfisterer. Die weiteren Mitglieder des Stiftungsrates sind: Francois Chapuis, Hans Ulrich Glarner, Dr. Peter Ehrensperger, Dr. Hans Moor, Dr. Annemarie Schaffner.

Für den Betrieb des Naturamas haben die Stifter eine eigenständige Betriebsgesellschaft in Form einer einfachen Gesellschaft gegründet. Die Gesellschafter werden vertreten durch: Petra Miersch, Victor Brun (Kanton Aargau), Dr. Lukas Pfisterer, Dr. Stefan Girod (Stadt Aarau), Dr. Annemarie Schaffner, Dr. Hans Moor (ANG).

Geschäftsführungdes Betriebs ist der Geschäftsleitung übertragen. Präsidentin der Geschäftsleitung der Betriebsgesellschaft ist Frau Doris Fischer-Taeschler, Seengen. Mitglieder sind: Victor Brun, Aarau, Dr. Fritz Gassmann, Vogelsang bei Turgi, Dr. Urs Klemm, Aarau, Verena Sommerhalder, Aarau und Beat Unternährer, Unterentfelden.

Der Betrieb des  Naturamas finanziert sich aus

• einem Sockelbeitrag des Kantons für den Museumsbetrieb
• drei Leistungsaufträgen Leistungsaufträgen des Kantons Aargau in den Bereichen Umweltbildung, Naturschutz und Nachhaltigkeit
• direkten Erträgen (Eintritte, Shop und Cafeteria, Veranstaltungen, Vermietungen, Beratungen)
• Spenden und Sponsoring